Вигго Мортенсен воспитывался в многодетной семье коренной американки идатчанина, которые познакомились во время катания на лыжах в Норвегии. 8 летсемья жила в Южной Америке, а затем переехала в Венесуэлу.
Вигго рос спокойным и скромным мальчиком, на него редко обращали внимание девушки, считая его поведение и внешность странными. Со своей первой женой актер познакомился во время съемок в фильме «Спасение». Ею стала певица Кристин (Иксин) Червенка, участница панк-группы «Икс». Они влюбились друг в друга с первого взгляда, в дальнейшем выяснилось, что у них схожие интересы и увлечения, они любят поэзию и смотрят на жизнь под одинаковым углом.
Вигго Мортенсен любил жену, ноему тяжело было мириться с ее скандальной славой. После того, как в 1988 году всемье родился сын, которого назвали Генри, Вигго и Кристин принимают решениеуехать жить в Айдахо, чтобы ничто не мешало правильному воспитанию ребенка.Такой переезд негативно сказывается на карьере Вигго, но семья и сын стоят унего на первом месте.
Во время жизни в Айдахо актеру приходится постоянно уезжать из дома, чтобы принимать участие в съемках фильмов. Именно в этот период он соглашается на любую работу, даже ту, которая ему не очень интересна. Причина этого – отсутствие денег для содержания семьи.
Огромную любовь к жене и сыну Вигго решил выразить на своем теле – он сделал первую татуировку в виде кровоточащего сердца, внутри него находятся инициалы Вигго, Иксен, его жены, и Генри.
Вигго Мортенсен, личная жизнь которого долгие годы нескладывалась, старается не привлекать к ней внимание журналистов. Но все-таки становится известным, что несмотряна общие взгляды и взаимопонимание, Вигго и Кристин решают развестись. Сделалиони это спокойно и без скандалов, а после расставания остались хорошимидрузьями.
Из-за постоянной занятости актера и певицы ими было принято решение воспитывать Генри совместными усилиями.
После расставания с женой Вигго переезжает в небольшой домик в Лос-Анджелесе. Когда Иксен нужно ехать на гастроли, она привозит Генри к отцу, а когда актер участвует в съемках, сын живет с матерью.
Вигго Мортенсену приписывают романы со многими голливудскими красавицами, но подтверждений этому нет. Последние отношения у актера были с моделью Лолой Шнабель, но в 2003 году пара рассталась.